оевода Михаил Шеин по своему происхождению принадлежал к древнему московскому боярскому роду. В XIII веке выехал из Пруссии в Новгород некий вельможа Прушанич, занялся торговым делом, мастерскую иконописную открыл. Но Прушанин, как его назвали по-новгородски, не задержался надолго в Новгороде, перебрался в молодую Москву. У потомка Прушанина в седьмом колене родился сын — богатырь Василий Михайлович Морозов, по прозвищу Шея. Сказывали, что он через ремень на шее поднимал годовалого бычка. И было у Шеи два сына. Старший из них, боярин Димитрий Васильевич, и стал родоначальником Шеиных. Знатен был Димитрий Васильевич сыновьями. Все три сына заслужили боярские звания. В ранние годы царствования Ивана IV братья Василий, Иван и Юрий Шеины были в большой чести у царя. Среди сыновей боярина Василия старшим был Борис. Судьбе было угодно уберечь род бояр Шеиных от опалы Ивана Грозного. Никто из них не служил в опричнине, но все исправно несли службу и не где-нибудь, а на южных рубежах Руси, защищая их от набегов казанских и крымских татарских орд.

Беспокойной была жизнь у Бориса Васильевича Шеина. В1574 году Разрядный приказ отправил его на «береговую службу» воеводой и наместником города Почепа. Этот город жил постоянно по законам военной поры и служил форпостом Брянска, когда Крымская орда отправлялась в набеги на Русь. Там, в Почепе, родился у Бориса Васильевича и его супруги Елизаветы, боярской дочери из Костромской земли, сын Михаил. Мальчик так и не запомнил отца, потому как вскоре после его рождения боярыня Елизавета с дочерью, которая была на три года старше брата, уехала на постоянное жительство в Москву, в родовые палаты бояр Шеиных на Рождественке.